儒学思想
揭示理学和心学都存在着“重虚谈”、“多议论”、“学而无实”、“学而无用”的弊端。
杨慎说： 骛于高远，则有躐等凭虚之忧；专于考索，则有遗本溺心之患。故曰：“君子以尊德性而道问学”。故高远之弊，其究也，以六经为注脚，以空索为一贯，谓形器法度皆刍狗之余，视听言动非性命之理，所谓其高过于大，学而无实，世之禅学以之。考索之弊，其究也，涉猎记诵以杂博相高，割裂装缀以华靡相胜，如华藻之绘明星，伎儿之舞呀鼓，所倡其功倍于（而效）小，学而无用，世以俗学以之。
“尊德性而道问学”，本为《中庸》所谓，但宋儒中，朱熹主张以究理问学为主，提倡研读经传，一依圣贤遗教去做，有偏重于“道问学”的倾向，陆九渊讥评其支离破碎；陆九渊主张学者从经典中解脱出来，求诸本心，认为“学苛知本，‘六经’皆我注脚”，有“尊德性”的倾向，朱熹斥责其尽废讲学。自南宋朱、陆相争以来，两家之学渐成水火之势，“宗朱者诋陆为狂禅，宗陆者以朱为俗学，两家之学各成门户，几如冰炭矣”。这对儒学发展影响甚大，诚如程敏政所说：“朱、陆之辨，学者持之至今。……其流至于尊德性、道问学为两途，或沦于空虚、或溺于训诂，卒无以得真是之归。此道所以不明不行。”
杨慎在这里则对朱、陆都进行了批评，指出陆学之弊在于“以空索为一贯”，趋简凭虚而入于禅，“学而无实”；朱学之弊在于“以杂博相高”，遗本溺心而流于俗，“学而无用”。在他看来，“经学之拘晦，实自朱始”，“新学（此指象山心学）削经铲史，驱儒归禅”，两者对学术风气和儒学的发展都产生了不良影响。这样，杨慎便全面否定了宋儒所倡通学。
对于当世流行的“道学”（即理学）和“心学”，杨慎亦持全面否定态度。他说：“道学、心学，理一名殊。明明白白，平平正正，中庸而已矣。更无高远亢（言）妙之说，至易而行难，内外一者也。被之所行，颠倒错乱，于人伦事理大戾。顾巾衣诡服，阔论高谈，饰虚文美观而曰：吾道民、吾心学，使人领会于渺茫恍惚之间而不可琢磨，以求所谓禅悟。此其贼道丧心已甚，乃欺人之行、乱民之俦，圣王之所必诛而不以赦者也，何道学、心学之有？”他认为儒学本是“明明白白，平平正正”，“内外一者也”，但承袭宋儒之学风而流行于明世的所谓“道学”、“心学”，尽管名称不一，形式有异，而其实都是只知“阔论高谈”、“虚饰文词”，只说不行，“教人领会于渺茫恍惚之间而不可着摸”的空洞无用之物。其恶果，一是欺世，二是乱民，故皆为“圣王之所必诛而不以赦者也”。如此之“道学”、“心学”，根本背离了儒学的基本精神。
指出心学“削经铲史，逃儒归禅”，同时又明确点示理学同禅学也实有千丝万缕的联系。
如其指出朱熹《中庸章句》所引程颐“活泼泼地”之类的话就是以佛家语录入章句，他说余尝评之曰：《说文》之解字，《尔雅》之训诂，上以解经、下以修辞，岂不正大简易。……至宋时，僧徒陋劣，乃作语录；儒者亦学僧家作语录……欲求易欲，反为难知；本欲明经，适以晦道矣！甚者因陋就简，以打乖筋斗入章，以闭眼合眉入文字，曰：我所述程朱之说，道理之谈，辞达意而已，不求工也。噫，左矣！这里所说的“以打乖筋斗入诗章，以闭眼合眉入文字”是陈献章（白沙心学）所为。可见，在杨慎看来，“学禅家”而导致儒学之“理”难知，圣道几晦，实是程朱理学和陆王心学的通病。
此外，杨慎认为，庄子所谓“六合之外，圣人存而不论”乃切要之言，丘长春所谓“世间之事尚不能究，况天下之事乎”乃正论。而邵雍、朱熹论天则是强不知为知，实为“妄说”。他说：“古论天文者，宣夜周髀浑天之书，甘石洛下闳之流，皆未尝言。非不言也，实所不知也。若邵子、朱子之言，人所不言，亦不必言也；人所不知，亦不必知也。……吾人固不出天地之外，何以知天之真面目欤？且圣贤之‘切问近思’，亦向必求知天下之事耶？”（31）他还对宋儒鬼神之论予以批判，指出朱熹对《中庸》所谓“鬼神为德”之解有悖儒家作书之旨，曰：“宋儒解‘鬼神’二字，支离太甚，既以‘二气’言，又以‘造化’言；……既曰‘人物’，又曰‘造化之迹’。则有形有声，视之可见，听之可闻矣，岂不与《中庸》背驰矣？且《中庸》一书，本是平常之理，而引之高深虚地文字，又岂子思作书之旨乎？……故朱子引程、张‘二气’、‘良能’、‘造化之迹’诸说，移以解《易》之‘鬼神’则可，解《中庸》之‘鬼神’则不可。”所以，杨慎讥笑宋儒“杂博”、“支离”、“割裂”，如同“伎儿之舞迓鼓”，既“无古人之学，而效古人之言，如村人学官衙鼓节也”。（33）如此，不流入禅，借助于佛家之言以装饰门面，又怎么可能呢？
擒贼先擒王，对集理学之大成的朱熹批判最多最烈。
杨慎不仅从学术、思想的诸多方面批评朱熹，如在《陈同甫与朱子书》中讥朱熹自立门户，在《文公著书》中责朱熹“违公是远情”，在《俗儒泥世》里中斥朱熹“迂”，在《大招》、《禹碑》、《大颠书》中批评朱熹文学艺术上的失误，在《圣贤之君六七作》中指出朱熹史学上的纰漏。如何等等，难以详述，而且，他更一针见血地揭示道：朱熹之学“失之专”，“失之专者，一骋意（己）见，扫灭前贤”，用其自己的理学思想来诠释儒家经典，否定汉唐诸儒经说，以确立其自己的思想权威，而后儒不察，‘失之陋’，‘失之陋者，惟从宋人，不知有汉唐前说也’，只能仰朱熹之鼻息了：“高者谈性命，祖宋人语录；卑者习举业，抄宋人之策论”。这必然要导致“经学之拘晦”。
对明代中后叶风靡一时的阳明心学有所批判。
杨慎借云南副使陈梦祥《六经》“一字一义皆圣贤实理之所寓，实心之所发”的话，职责陈献章“六经皆虚”论实“非圣人之蕴”，乃“佛者幻妄之意”。他说：“儒教实，以其实天下之虚；禅教虚，以其虚天下之实。陈白沙诗曰：‘六经缘在虚无里’，是欲率古今天下而入禅教也，岂儒家之学哉！”杨慎更怒斥王阳明为“霸儒”、“儒枭”，批评其以儒为表、以佛为里，证性见心、“驱儒归禅”，背叛了儒家的经义，说：“迩者霸儒创为新学，削经划史，驱儒归禅，缘其作俑，急于鸣俦， 俾其易人，而一时奔名走誉者，……靡然从之。”他又寓庄于谐地对人们何以会对阳明心学“靡然从之”作了分析，引其友之语道： 余友蒋兆晕芝善戏语而有妙理，尝论讲学之异曰：“宋儒‘格物致知’之说，久厌听闻，‘良知’及‘知行合一’之说一出，新人耳目。如时鱼鲜笋，肥美爽口，盘肴陈前，味如嚼冰，蚁而厌饫，依旧是鹅鸭菜疏上也。又如真旦看厌，却爱装旦；此北《西厢》听厌，乃唱南《西厢》。观听既久，依旧是真旦、北《西厢》出也。公多与辩，但徐徐俟之。”
在《云南乡试录序》中更揭示阳明集心学之大成，鼓倡“心即理”、“致良知”、“知行合一”诸说造成了明代中后叶知识界的空疏浅陋，谓：“今士习何如哉！其高者凌虚厉空，师心去迹，厌观理之烦，贪居敬之约，渐近清谈，遂流禅学矣。卑焉者则掇拾丛残，诵贯酒魂，陈陈相因，辞不辨心，纷纷竞录，问则口，此何异叟诵诗、阍寺传令乎？究高者既如此，卑论者又如此，视汉唐诸儒且恧焉，况三代之英乎！”
