贡献
《本草纲目》
在李时珍任职太医院前后的一段时期，经长时间准备之后，李时珍开始了《本草纲目》的写作。在编写过程中，他脚穿草鞋，身背药篓，带着学生和儿子建元，翻山越岭，访医采药，足迹遍及河南、河北、江苏、安徽、江西、湖北等广大地区，以及牛首山、摄山（古称摄山，今栖霞山）、茅山、太和山等大山名川，走了上万里路，倾听了千万人的意见，参阅各种书籍800多种，历时27年，终于在他61岁那年（1578年）写成。
《本草纲目》凡16部、52卷，约190万字。全书收纳诸家本草所收药物1518种，在前人基础上增收药物374种，合1892种，其中植物1195种；共辑录古代药学家和民间单方11096则；书前附药物形态图1100余幅。这部伟大的著作，吸收了历代本草著作的精华，尽可能的纠正了以前的错误，补充了不足，并有很多重要发现和突破。是到16世纪为止中国最系统、最完整、最科学的一部医药学著作。
面对浩瀚的本草宝库，如何驾驭、操纵它便成为最关键的问题。可以说这是李时珍最大的贡献之一。他不仅解决了药物的方式、检索等问题，更重要的是体现了他对植物分类学方面的新见解，以及可贵的生物进化发展思想。李时珍打破了自《神农本草经》以来，沿袭了一千多年的上、中、下三品分类法，把药物分为水、火、土、金石、草、谷、莱、果、木、器服、虫、鳞、介、禽、兽、人共16部，包括60类。每药标正名为纲，纲之下列目，纲目清晰。书中还系统地记述了各种药物的知识。包括校正、释名、集解、正误、修治、气味、主治、发明、附录、附方等项，从药物的历史、形态到功能、方剂等，叙述甚详。尤其是“发明”这项，主要是李时珍对药物观察、研究以及实际应用的新发现、新经验，这就更加丰富了本草学的知识。
根据马元俊先生的研究，李时珍在植物学方面所创造的人为分类方法，是一种按照实用与形态等相似的植物，将其归之于各类，并按层次逐级分类的科方法。李时珍将一千多种植物，据其经济用途与体态、习性和内含物的不同，先把大同类物质向上归为五部（即草、目、菜、果、谷为纲），部下又分成30类（如草部9类、木部6类、菜、果部各7类、谷5类是为目），再向下分成若干种。他不仅提示了植物之间的亲缘关系，而且还统一了许多植物的命名方法。
总之，李时珍采用以纲挈目的方法，将《本草经》以下历代本草的各种药物资料，重新进行剖析整理，使近200万字的本草巨著体例严谨，层次分明，重点突出，内容详备。实乃“博而不繁，详面有要”。
虽然《本草纲目》是一部药物学专著，但它同时还记载了与临床关系十分密切的许多内容。原书第三、第四卷为“百病主治药”，记有113种病症的主治药物，其中第三卷外感和内伤杂病中，就包括有专门治疗伤寒热病、咳嗽、喘逆类的药物，第四卷则主要为五官、外、妇、儿科诸病。原书中明确提出能治疗瘟疫的药物有：升麻、艾叶、腊雪、丹砂、阳起石、火药、大青、麻黄、威灵仙、葎草、大麻、大豆豉、葫、竹笋、梨、松、猪苓、竹、石燕、犀、桃蠹虫等20余种。
此外，《本草纲目》中收载各类附方11096首，涉及临床各科，包括内科、外科、妇科、儿科、五官科等，其中2900多首为旧方，其余皆为新方。治疗范围以常见病、多发病为主，所用剂型亦是丸散膏丹俱全，且许多方剂既具科学科，又有简便廉验之特点，极具实用性。如治疗咳嗽病的方剂，即在多种药物附方中出现，举例如下：
肺气喘急：马兜铃二两（去壳及膜），酥半两（入碗内拌匀，慢火炒干），甘草（炙）一两，为末。每服一钱，水一盏，煎六分，温呷或噙之。
哮喘痰嗽：鸭掌散：用银杏五个，麻黄二钱半，甘草（炙）二钱。水一钟半，煎八分，卧时服。又金陵一铺治哮喘，白果定喘汤，服之无不效者，其人以此起家。其方：用白果二十一个（炒黄），麻黄三钱，苏子二钱，款冬花、法制半夏、桑白皮（蜜炙）各二钱，杏仁（去皮尖）、黄芩（微炒）各一钱半，甘草一钱。水三钟，煎二钟，随时分作二服。不用姜。
肺热痰咳，胸膈塞满：用栝蒌仁、半夏（汤泡七次，焙研）各一两。姜汁打面糊丸梧子大。每服五十丸，食后姜汤下。
因此，《本草纲目》在临床治疗方面亦有伋高的参考价值。
《本草纲目》不仅为中国药物学的发展作出了重大贡献，而且对世界医药学、植物学、动物学、矿物学、化学的发展也产生了深远的影响。该书出版后，很快就传到日本，以后又流传到欧美各国，先后被译成日、法、德、英、拉丁、俄、朝鲜等十余种文字在国外出版，传遍五大洲。早在1951年，在维也纳举行的世界和平理事会上，李时珍即被列为古代世界名人；他的大理石雕象屹立在莫斯科大学的长廊上。不仅对中医药学具有极大贡献，而且对世界自然科学的发展也起了巨大的推动作用，被誉为“东方医药巨典”，英国著名生物学家达尔文也曾受益于《本草纲目》，称它为“中国古代百科全书”。英国著名中国科技史专家李约瑟在《中国科学技术史》中写道：“16世纪中国有两大天然药物学著作，一是世纪初（1505年）的《本草品汇精要》，一是世纪末（1595年）的《本草纲目》，两者都非常伟大。”
《本草纲目》有一百多万字，记载了一千八百多种药物，每一种都有图，是中药书籍中一部伟大的著作，已经被译成几国文字，在全世界流传。明李时珍著。
五十二卷。书成于万历六年（1578年）。
全书共分为十六部、六十类。
收载药物一千八百九十二种。
药方一万一千九十张。
对每种药物以“释名”确定名称；“集解”叙述产地、形态、栽培及采集方法等；“辩疑”、“正误”考订药物品种真伪和纠正历史文献记载的错误；“修治”说明炮炙法；“气味”、“主治”、“发明”分析药物的性味与功用；“附方”搜集古代医家和民间流传的方剂共一万一千余首。
并附有一千一百余幅药物形态图。内容极为丰富，系统地总结了中国十六世纪以前药物学的经验，是中国药物学、植物学等的宝贵遗产，对中国药物学的发展起着重大作用。
刊于万历十八年（1590年），复刻甚多，并有多种外文译本在国外流传，为世界药物学者、植物学者所重视。
《濒湖脉学》
李时珍感其时代的中医脉学存有缺憾甚至谬误繁多，便依其父李月池所著《四诊发明》及历史上其他多家脉论精华，于1564年（明·嘉靖43年）编著成《脉诀》，即《濒湖脉学》。
《濒湖脉学》为李时珍晚年所著，以号命书，是为“濒湖脉学”。《濒湖脉学》撷取明以前脉学之精华，载有二十七种脉，书中对于其中同类异脉的鉴别要点及脉象主病，均编成歌诀．便于记诵。本书说理透彻，形象生动，易学易记，适合中医基层医务工作者和脉学爱好者阅读参考。
该书语言简明，论脉清澈，不但把临床复杂脉象总结归纳成基本的27种脉象，而且还把主要内容，即脉象、相类脉鉴别、脉象主病，皆以韵文歌括形式撰述，便宜诵记，因此上其书流传深广，历来受医家推崇。
《濒湖脉学》对中医基础理论研究和临床实践具有重大的指导意义，实为中医典坟之作，是李时珍对中医学的巨大贡献。
