万历十九年（1591），作著名的《论辅臣科臣疏》，批评神宗朱翊钧即位后的朝政，抨击宰辅张居正和申时行，因而被贬广东徐闻任典史。二十年（1592）调任浙江遂昌知县，颇多善政，并有诗作讽刺朝政，关心民间疾苦。
